新疆巴旦杏品种繁多，有40多种，按植物的亲缘关系划分了五个大家族，品质上等的是软壳甜巴旦杏品系、甜巴旦杏品系(维吾尔语称“卡卡孜”)两个家族，包括纸皮巴旦、软壳巴旦、薄壳巴旦、早熟巴旦、双仁巴旦等品种。这些品种高产、优质、味美、成熟早，坚果重1～2克多，1公斤有400～800多粒，出仁率高达50%～70%，手捏或轻击可去壳食用。中等家族是厚壳甜巴旦杏品系，维吾尔语称“塔石”，有大巴旦等品种。该家族品种个大、高产、味美，但壳厚，出仁率很低。下等家族是苦巴旦杏品系和桃巴旦杏品系，维吾尔语称“阿其克”、“夏布都尔”，有纸皮苦巴旦、花皮挑巴旦等品种。该两家族品种，味苦不能吃，只能药用或作嫁接的砧木。

　　新疆巴旦杏的盛产区均处于干燥的荒漠生态环境，日照长，早晚温差大，巴旦杏在生长中为适应这种特殊环境，要积累大量的糖、油等物质，所以果实既甜又香。据测定，新疆的巴旦杏比国外的品种含油含糖量都高。新疆巴旦杏树还有生长快、结果早的特点，只要精心栽植管护，栽后第二年便可开花结果，5年可大量采食。所以，在新疆提倡保护和多种巴旦杏是大有必要的。