到13世纪初叶,蒙古贵族迫使一部分阿拉伯人、波斯人、土尔其人和中亚一些信仰伊斯兰教的人迁居中国。另外,还迫使为数众多的维吾尔族的官吏和士兵迁居内地。上述这些人与当地汉族和蒙古人在经济和文化上经过密切的交往和融合,于元末明初逐渐形成了一个新民族——回族。
从14世纪中叶到17世纪中叶300年当中,回族人口有了很大增长。新疆地区的回族,除元朝在新疆屯田、牧养人员之外,清朝又有一些从内地回族聚居区被迫迁徙来的。回族人民在新疆历史上,为反抗封建统治者的残酷压迫和抵抗帝国主义的侵略,同新疆其他民族一道进行过卓绝的斗争。1949年解放前回族人民积极参加了迎接解放新疆的宣传组织工作。1954年先后成立了焉耆回族自治县和昌吉回族自治州。回族与汉族共同使用一种语言文字。